對此，萬鋼表示，在基礎研究方面，“十二五”期間要關注的問題包括以下四方面內容：
第一，探索一些規律性問題。基礎研究本身就是探索規律，但在部署基礎研究方向的時候也需要探索一些規律性的問題。基礎研究、技術創新和產業化發展的規律不同，這三者之間要尊重它們自身的規律才能做好每一件事情，不能套用，更不能錯用。例如，不能拿技術創新的規律去解決基礎研究問題。科技管理應該考慮三者之間的互動，能夠遵從各自規律去辦好事情。現在，基礎研究的面越來越廣，需要更多的創造，需要多學科交叉，從多方面認識規律。
在產業化方面，技術要通過裝備或設備才能成為產品，但這一段過程并不是搞基礎研究的科研人員的特長，就需要學科交叉以及管理部門來考慮如何加強技術轉移。其實，一項技術可以用在很多產品上，并不是1∶1的轉化關系，認識這個規律很重要。作為科研管理人員，要讓成果被社會所知。今后的科研項目到最后都要形成一篇大眾能看懂的科普文章，促進其向產業化轉化。
第二，建設科研基地，特別是試驗平臺和一些重大裝備，還包括科研條件等。建設科研基地更重要的是更好地為科研人員服務。建設科研基地會起到一個擴散作用，能夠促進大學、研究院所和企業的創新。科研基地要多組織科普活動，專家們除了參加專業性會議外，還要做好科普。做好科學傳播，會提高企業對科研成果的積極性。目前，這方面還是薄弱關節。未來將建立一支專業性隊伍在科研基地中從事這方面工作。
第三，要不拘一格選人才。人才一定是多層次和來源廣泛的。千萬不能以出成果論人才，不能認為有學歷的就是人才。一個好的研究團隊必然會有各種技術性人才，但現在很多人才計劃還不能顧及到這批人，需要各個研究所拿出精力來做，讓他們在團隊中發揮自己的能力。此外，要給科研人員更多的空間，鼓勵科研人員自己開發儀器設備。如果某個設備自己研制的價錢低于購買的價錢就可以自己研制，這有利于科研方法的進步，有利于科研儀器的發展。
第四，創新環境的建設。“十二五”期間要完善人才激勵機制和科技評價體系，樹立正確的科研導向，要倡導自由、民主、活躍的學術氛圍，要努力形成寬松和諧、健康向上的科研環境，以及團結協作、淡泊名利的團隊精神。科學精神是一個科學家應該達到的最高境界，應該共同營造一個寬容失敗、摒棄浮躁、潛心研究、誠于自律的創新文化。2007年修訂的《科技進步法》，其中明確的一條就是要寬容失敗，國家支持的各領域研究項目，如果通過努力仍沒有達到目標，會照樣給予肯定，其基礎是確實做了工作，并至少告訴人們這樣的條件下是達不到目標的。科研就是如此，其中一些一定會達不到目標，或是部分達到目標。因此，寬容失敗將在“十二五”規劃中認真考慮。此外，對任何學術造假行為要嚴厲懲治，在科研誠信方面絕不讓步。
“我國的科技事業對于民族復興、社會發展都起到至關重要的作用。基礎研究過去從來沒有得到現在這樣的重視，今后會比今天得到更多的重視。”萬鋼強調。
萬鋼表示，希望“十二五”規劃能夠成為我國科技發展的一個新起點，使基礎研究工作能夠得到更多加強，使知識對技術創造能夠起到更多的引領作用，使技術創新能夠推動成果產業化和整個經濟社會的發展。