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腫瘤相關蛋白復合物的分子模擬及其結合機制分析  
腫瘤相關蛋白復合物的分子模擬及其結合機制分析
資料類型： JPG圖片格式
關鍵詞： 腫瘤  蛋白質復合物  分子模擬  結合自由能  MM-PBSA  方法  
資料大小： 116K
所屬學科：
來源： 來源網絡
簡介：
腫瘤細胞的存活與否取決于其凋亡過程的分子調控能力，而一系列的蛋白質復合物是該過程得以行使的載體。其中，A1屬于促存活蛋白；而BMF、PUMA屬于促凋亡蛋白，稱之為BH3-only蛋白或BH3多肽。它們之間形成蛋白復合物，其結合的強弱直接影響著腫瘤細胞的凋亡過程。我們對A1蛋白和BH3多肽的復合物進行了分子模擬；基于MM-P(G)BSA方法，計算了幾種復合物的結合自由能及每個殘基的貢獻，發現不同多肽的結合機制存在差別；根據這一差別，對多肽進行突變，獲得了結合能力更強的蛋白－多肽復合物。研究發現，盡管BH3多肽中間的熱點殘基對結合能貢獻最大，但不同多肽結合能力的差異更多地體現在多肽的兩個末端片段上。或者說，多肽中間殘基的疏水作用體現了BH3多肽與A1蛋白結合機制的共性，而末端殘基更多地體現出不同BH3結合機制的特異性。此外，單次模擬軌跡只能覆蓋其末端片段的部分構象空間，相比而言，基于多趟軌跡獲得的結合自由能更加準確。
上傳人： liu
上傳時間： 2013-11-11 16:40:38
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