2008年，為提升高等學校自主創新能力、原始創新水平與高層次人才培養水平，國家財政部、教育部開始實施“中央高校基本科研業務費”專項資金，主要用于支持高校青年教師和品學兼優且具有較強科研潛質的在校學生開展自主選題科學研究工作。華中科技大學作為首批14家試點單位之一。為此，學校領導高度重視，成立由校領導及相關職能部門負責人組成的管委會，專門負責自主創新研究基金的組織管理工作；并決定將下撥至華中科技大學的“中央高校基本科研業務費”命名為“華中科技大學自主創新研究基金”，用來支持能瞄準世界科技發展前沿，具有重要科學意義、學術思想新穎、交叉領域、學科新生長點等基礎學科、應用學科方面的創新性研究項目。分別由華中科技大學教務處、研究生院、科發院、先裝院負責實施。
華中科技大學副校長楊勇在3月25日召開的2011年自主創新研究基金申報動員會上作了講話。他指出，設立自主創新研究基金是學校進行科研戰略性思考與長遠發展規劃，關心和支持青年教師進行科學研究的重要舉措，主要資助對象為學校40歲以下的青年教師，目的是通過自主創新基金引導，培養青年教師的創新能力和獨立主持項目的能力，為教學、科研培養人才，儲備后勁，為今后爭取到國家項目、地方和企業項目奠定基礎。楊勇強調，青年教師是學校可持續發展中的一支非常重要的隊伍，是教學科研梯隊的預備隊，在教學科研中發揮重要作用。青年教師的快速成長對學校未來可持續發展意義重大。他要求各院系高度重視，將會議精神充分傳達給每一位適合申報的青年教師；青年教師在項目申報時，要與學校戰略性思考和學科建設緊密結合，認真謀劃；項目一定要有創新，要經得起查新的檢驗。他希望青年教師珍惜機會，以科學嚴謹的態度、創新的思維，積極申報。
華中科技大學科發院常務副院長陳建國對華中科技大學自主創新研究基金的形式作了分析，重點介紹了基金設立的背景和資助目標，并提出了具體要求。陳建國說，要以嶄新的模式、創新的機制用好基金，希望青年教師正確定位、建立信心、獨立思考，形成自己的科研思維；同時，要改變重申報、輕實施、怕結題的現狀，形成踏實、實干的風氣，改變重布置、輕檢查、輕過程的狀況，提高按計劃執行能力，提升項目質量。
華中科技大學科發院副院長夏松主持會議，并就華中科技大學自主創新研究基金執行情況、主要效果、管理創新作了具體分析，對下一步工作做了部署安排。副院長劉潔介紹了2009年人文社科自主研究創新研究基金的立項及使用情況，并報告了今年自主創新研究基金中人文社科領域的工作思路。財務處副處長趙彭齡對自主創新研究基金的經費管理作了說明，希望各院系、各位老師要加強經費使用管理，加快預算執行進度。
