據了解，由工業和信息化部發布的《新能源汽車生產企業及產品準入管理規則》于2009年7月1日起正式施行。甲醇汽車未被列入。準入管理規則第一章第三條規定，本規則所稱新能源汽車，包括混合動力汽車、純電動汽車（BEV，包括太陽能汽車）、燃料電池電動汽車（FCEV）、氫發動機汽車和其他新能源（如高效儲能器、二甲醚）汽車等各類別產品。而在山西、陜西等省份已推廣多年，國內多家汽車廠商投入研制多年并取得一定成果的甲醇汽車卻榜上無名。
有關專家對于甲醇汽車被排除在外進行了分析。
清華大學汽車工程研究院常務副院長宋健分析，盡管甲醇汽車在節能、環保等方面明顯優于傳統汽車，可作為替代型能源進行小規模推廣使用。但甲醇屬于中等毒性物質，小規模摻入汽、柴油中搭配使用不至于對環境及人類身體健康產生多大危害，但真要大規模化推廣應用，其毒性隨之擴大而帶來的危害誰也無法預料。因此，甲醇汽車對于新能源汽車產業的發展意義并不大，《新能源汽車生產企業及產品準入管理規劃》未將其收錄實屬正常。
上海內燃機研究所新能源發動機研究室副主任齊洪元認為，屢屢發生的假酒案，不法商販把價格便宜的甲醇當做工業酒精制成白酒，導致消費者死亡，這些案例給公眾造成甲醇劇毒的“集體意識”。大家談甲醇色變，這一意識不僅存在于民間，在一些政策制定者中同樣存在。
關于甲醛排放問題，山西省醇汽辦副主任降連葆告訴記者，M100甲醇車排放的甲醛低于柴油車，但高于汽油車。甲醛在常規汽油車排放量為3～4毫克/千米，甲醇車排放量為10毫克/千米。這也是甲醇汽車沒能入圍新能源汽車準入管理規則的另一原因。據悉，目前的汽車尾氣排放國家標準中沒有甲醛排放量的指標。美國加州有個甲醛標準，允許每英里排放16毫克，換算過來也等于每千米10毫克。