新產業
原料供應分散且不足
足量、穩定的原料供應才能支持生物燃料的快速發展。以中國纖維素乙醇為例。纖維素乙醇主要以農林廢料為原料。據中國農業部統計，全國每年秸稈等農業廢料產量在7億噸以上，但去除農民焚燒填埋和生物質直燃消耗等去處，僅剩余3億噸以上。目前中國國內沒有統一的秸稈供應商，主要依賴于生物燃料企業自己從農民和大型農場所在地收購，這也增加了秸稈收購和儲運成本。
市場進入門檻高
第二代生物燃料屬于高新技術產業，行業內企業必須保持對技術研究的高額投入，因此對進入者資金的要求比較高。尤其是現階段，整個行業的技術還未成熟，需要持續的大投入之后才有可能有所回報。
由于第二代生物燃料產業在緩解能源緊張和環境壓力的同時，能拉動農村經濟、增加農民收入并推進新農村建設，因此在國內有巨大的發展潛力。縱觀美國、歐洲等發達國家地區也相繼在2010年發布了一系列支持第二代生物燃料產業的政策，提高了在未來產業發展中纖維素乙醇等先進生物燃料所占的比例。長遠看來，生物燃料行業未來的發展前景仍是樂觀的。
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（藍劍）